Era apoiado pelo Partido Republicano Paulista e suas principais medidas :co presidente da República, foram:

• reabertura do Congresso Nacional
• afastamento dos chefes de governo dos Estados. indicados por da Fonseca.

O governo de Floriano passou a sofrer oposição política, porque alguns setores entendiam que, segundo a Constituição brasileira, o vice-presidente só poderia assumir o governo caso o Presidente eleito tivesse governado mais de dois anos. Caso contrário, deveriam ser convocadas novas eleições.

Os partidários de Floriano alegavam que o artigo 42 da Constituição só se aplicava aos presidentes eleitos pelo voto direto.

Floriano puniu os militares e por suas atitudes e decisões firmes, passou a ser chamado de “Marechal de Ferro”, consolidador do poder republicano.
Mesmo assim, continuaram as reações contra o seu governo, como a segunda revolta da Armada.

Em 1893, no Rio Grande do Sul, estourava um violento conflito entre os partidos políticos: Partido Republicano Gaúcho, apoiado por Floriano, e o Partido Federalista, que representava os tradicionais donos das estâncias. A Revolução Federalista durou dois anos e provocou a morte de aproximadamente 10.000 pessoas. Embora não fosse seu objetivo declarado, à ele se deve a consolidação do Regime Republicano e da Oligarquia Cafeeira.