Foi o primeiro presidente civil da República e era um candidato da oligarquia cafeeira. Tinha a incumbência de pacificar as rebeliões, reorganizar a vida financeira do país e favorecer a classe social que o elegera, os fazendeiros do café.

Em seu governo houve várias crises políticas, mas a pior foi a chamada Revolta de Canudos, que foi uma revolta social entre os sertanejos pobres que tinham como líder Antônio Vicente Mendes Maciel, conhecido como Antônio Conselheiro.
O líder pregava grande religiosidade, apego à extinta monarquia, e contra o governo republicano. Na verdade, protestava contra as injustiças sociais e a miséria que os afetavam.

Depois de muitas lutas contra o local onde se agrupavam, o arraial de Canudos foi destruído pelas tropas federais em 5 de outubro de 1897.