Deu continuidade à política “café com leite”, onde na presidência alternavam-se os representantes de Minas (produtores de leite) e São Paulo (produtores de café).

Enfrentou grandes problemas econômicos, pois o crescimento da produção de café não foi acompanhado pelo aumento do consumo, provocando uma crise de superprodução e queda violenta dos preços. Com o prejuízo da elite cafeeira, foram acionados os governos dos estados produtores para o Convênio de Taubaté, realizado em 1906, onde se decidiu adotar uma política de valorização do café, que consistia na compra e estocagem pelo governo federal de toda a produção excedente do produto, forçando, pela diminuição da oferta, o aumento de preços no mercado internacional. Destacou-se ainda no governo de Rodrigues Alves, a campanha da vacinação, promovida pelo médico sanitarista Dr. Oswaldo Cruz.